種植作物要求施肥必須使足夠數量的有機物質返回土壤，以保持或增加土壤微生物活性。所有有機或無機（礦質）肥料，尤其是富含氮的肥料，應以對環境和作物（營養、味道、品質和植物抗性）不產生不良后果為原則。　　
　　一、AA級綠色食品的肥料使用準則AA級綠色食品：系指在生態環境質量符合規定的產地，生產過程中不使用任何化學合成物質，按特定的生產操作規程生產、加工、產品質量及包裝經檢測、檢查符合特定標準，并經專門機構認定，許可使用AA級綠色食品標志的產品。　　
　　1．用綠色食品標準規定允許使用的肥料種類，禁止使用其他化肥，禁止使用有害的城市垃圾和污泥。醫院的糞便垃圾和含有害特質（如毒氣、病原微生物、重金屬等）的工業垃圾，一律不得收集作生產綠色食品的肥料。　　
　　2．稈還田可因地制宜地進行。綠肥利用形式有覆蓋、翻入土中與混合堆漚。綠肥好在盛花期翻壓，翻埋深度為15厘米左右。蓋土要嚴，翻后耙勻。壓青后15??20天才能進行播種或移苗。　　
　　3．腐熟達到無害要求的沼氣肥水及腐熟的人畜糞尿可用作追肥，嚴禁在蔬菜等作上澆不腐熟的人糞尿。
　　4．餅肥對水果蔬菜等作物品種有較好的作用。　　
　　5．葉面肥料，噴施于作物葉片，可施互次或多次，后一次必須在收獲前20天噴施。　　
　　6．微生物肥料可用于拌種，也可作基肥和追肥施用，使用時應嚴格按照使用說明書的要求操作。微生物肥料對減少蔬菜硝酸鹽含量、改善品質有顯效果。可在蔬菜上有計劃地擴大使用。　　
　　7．補鉀可選符合推薦性國家標準（GB/T20937-2007）并取得有機產品認證的有機天然硫酸鉀鎂肥，中信國安“有機天然硫酸鉀鎂肥”填補了有機天然礦物肥的國內空白，解決了有機農業補鉀難的問題。　　
　　二、A級綠色食品的肥料使用準則A級綠色食品：系指在生態環境質量符合規定標準的產地，生產過程中允許限量使用限定化學合成物質，按特定的生產操作規程生產、加工、產品質量及包裝經檢測、檢查符合特定標準，并經專門機構認定，許可使用A級綠色食品標志的產品。　　
　　1．選用綠色食品標準規定允許使用的肥料種類。如生產上實屬必須，允許生產基地有限度地使用部分化肥，但禁止使用硝態氮肥。　　
　　2．化肥必須與有機肥配合使用，有機氮與無機氮之比以1比1為宜，廄肥大約1000千克加尿素20千克（廄肥作基肥，尿素可作基肥和追肥用）。后一次追肥必須在收獲前30天進行。　　
　　3．化肥也可以和有機肥、微生物肥配合使用。城市垃圾要經過無害化處理，質量達到國家標準后才能使用，每年每畝農田限制用量，粘性土壤不超過300千克，砂性土壤不超過2000千克。　　
　　4．秸稈還田及其他使用準則，同AA級綠色食品的肥料使用準則。